최근의 분자생물학적 연구에서 컴퓨터나 데이터베이스를 이용한 분석은 점점 필수적인 과정으로 자리 잡아 가고 있다. 본고에서는 실험적으로 밝혀진 단백질의 3차원 구조정보와 서열 상동성(sequence homology)을 이용해서 3차원 구조가 아직 밝혀지지 않은 개별 단백질의 3차원 구조와 그 기능을 예측하는 과정을 시작으로 기존의 BLAST나 FastA 같은 데이터베이스 검색 알고리즘의 방법으로는 찾아내기 어려운 서열 상동성(sequence homology)이 낮은 단백질 서열들을 일괄처리를 통해 그 구조와 기능을 예측하는 pipeline 방법, 그리고 단일 단백질의 기능만이 아니라 단백질-단백질 간의 상호작용에 대한 해석을 위한 최근의 컴퓨터 응용기법들을 소개한다.